環(huán)狀RNA芯片定制檢測服務
實驗技術(shù)簡介: 環(huán)狀RNA (ircRNA) 是區(qū)別于傳統(tǒng)線性RNA的一類新型RNA,具有閉合環(huán)狀結(jié)構(gòu),大量存在于真核轉(zhuǎn)錄組中。大部分的環(huán)狀RNA是由外顯子序列構(gòu)成，在不同的物種中具有保守性,同時存在組織及不同發(fā)育階段的表達特異性。由于環(huán)狀RNA對核酸酶不敏感，所以比線性RNA更為穩(wěn)定， 這使得環(huán)狀RNA在作為新型診斷標記物的開發(fā)應用上具有明顯優(yōu)勢。近來研究顯示，環(huán)狀RNA在不同物種中起到miRNA海綿的作用,稱之為競爭性內(nèi)源RNA (ceRNA) ， 能競爭性結(jié)合miRNA。而與疾病關(guān)聯(lián)性miRNA的相互作用說明環(huán)狀RNA對疾病的調(diào)控起著非常重要的作用。
實驗操作流程:
1、樣品RNA抽提
2、RNA質(zhì)量檢測
①使用Nanodrop測定RNA在分光光度計260nm、280nm和230nm的吸收值，以計算濃度并評估純度。
②用甲醛電泳試劑進行變性瓊脂糖凝膠電泳，檢測RNA純度及完整性。
③提供RNA QC報告。
3、RNase R處理
4、cDNA/aRNA樣品合成和標記
5、標記效率質(zhì)量檢測使用Nanodrop檢測熒光標記效率，標記效率合格以保證后續(xù)芯片實驗結(jié)果的可靠性。
6、芯片雜交
在標準條件下將標記好的探針和高密度基因組芯片進行雜交。
7、圖像采集和數(shù)據(jù)分析
使用GenePix 4000B芯月掃描儀掃描芯片的熒光強度,并將實驗結(jié)果轉(zhuǎn)換成數(shù)字型數(shù)據(jù)保存，使用配套軟件對原始數(shù)據(jù)進行分析運算。
8、提供實驗報告
①Scanning Image: Cy3熒光掃描圖像;
②Scatter Plot:散點圖，X軸為Control信號值，Y軸為Experiment信號值， 表示信號數(shù)據(jù)總體分布趨勢;
③Raw Data:探針的掃描熒光信號強度原始數(shù)據(jù);
④Normalized Data:經(jīng)過統(tǒng)計學方法標準化后數(shù)值;
⑤P-value: T-test統(tǒng)計分析顯著差異表達的基因，p-value越小， 該circRNA在兩組樣本間差異表達越顯著
⑥significant Up & Down Regulated CircRNA List:顯著差異表達的circRNA列表包含F(xiàn)old Change, p-valuel以及circRNA的詳細注釋信息(相應的線性mRNA和miRNA結(jié)合位點)。
客戶提供:
1、實驗對象為組織樣品，取適量(50-100mg) 新鮮組織樣品或正確保存的組織樣品，使用
BioPulverizer TM冰凍粉碎組織，加1m的RNA抽提試劑TRIzol (Invitrogen) ，使用Mini-Bead-Beater-16勻漿后抽提RNA。
2、實驗對象為細胞樣品，每份樣品取1x106~ 1x107細胞，加1m的RNA抽提試劑TRIzol (樣品為貼壁細胞，每10cm2培養(yǎng)皿TRIzo1使用量為1ml)，裂解后抽提RNA。
交付標準:
1、芯片檢測數(shù)據(jù)
2、完整的實驗操作規(guī)程、實驗報告(含軟件分析結(jié)果)以及實驗材料
實驗代做服務：
ELISA試劑盒免費代檢測 | CCK8檢測 | 基因組DNA提取
| 蛋白相互作用分析 |
Western Blot
| 免疫組化 | 熒光定量PCR | 動物模型服務 |
流式細胞檢測 | 細胞增殖 | 激光共聚焦 | DNA甲基化實驗 |
細胞劃痕 | 鈣離子濃度檢測 | 掃描電鏡實驗 | microRNA 測序 |
動物實驗 | Taqman探針 | ATP/ADP檢測
| 石蠟/冰凍切片 |
定點突變 | 線粒體膜電位(MMP)檢測 | 細胞生長曲線的測定 | 藥理毒理動物實驗
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免疫共沉淀 | 真核表達載體構(gòu)建 | 染色質(zhì)免疫沉淀CHIP | 非標定量（Label-free）實驗 |
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